Aποστολή της ΣΕΘΑ είναι η επιμόρφωση και η εκπαίδευση Αξιωματικών των Ενόπλων Δυνάμεων, των Σωμάτων Ασφαλείας, του Πυροσβεστικού και του Λιμενικού Σώματος, καθώς και υπαλλήλων των Υπουργείων, Οργανισμών και Επιχειρήσεων Δημοσίου ή ιδιωτικού Δικαίου, με σκοπό αυτοί να καταστούν ικανοί να χειρίζονται θέματα Εθνικής Άμυνας στα πλαίσια των αρμοδιοτήτων τους. Επί πλέον η Σχολή λειτουργεί και ως επιστημονικός φορέας στο χώρο των Ενόπλων Δυνάμεων, για θέματα Αμυντικής Πολιτικής και Εθνικής Στρατηγικής.
